Biyolojik filtrasyonun amacı; akvaryumda oluşan toxic (zehirli) maddeleri, bir kısım bakteriler aracılığı ile zehirsiz ya da az zehirli maddeler haline getirmektir.
Akvaryumda oluşan zehirli maddelerin ortaya çıkış nedeni, ortamdaki canlıların solunumları, dışkılamaları ve ölümleri neticesinde çürümeleridir. Bu olaylar neticesinde NH3 (Amonyak) ve NO2 (Nitrit) ortaya çıkmaktadır. Görüldüğü gibi bu maddeler azotlu (N) bileşiklerdir. Demin bahsi geçen bir kısım bakteriler bu maddeleri daha az zehirli ya da zehirsiz bileşiklere döndürmektedirler.
Bu bakterilerden Nitrosomonas NH3’ü (Amonyak) NO2’ye (Nitrit) çevirmekte, Nitrobacter de NO2’yi (Nitrit) daha az zehirli olan NO3’e (Nitrat) çevirmektedir.
Nitrosomonas ve Nitrobacter aerobik bakterilerdir. Yani oksijene ihtiyaç duyarlar. Ayrıca akvaryum içinde tutunup kolonileşebilecekleri alanlara da ihtiyaçları vardır. Akvaryum suyundaki oksijen, soluduğumuz hava ile kıyaslanamayacak kadar kısıtlıdır. Bu nedenle Nitrosomonas ve Nitrobacterlere oksijeni bizim götürmemiz gerekmektedir.
